本科部成立於1988年6月醫院肇建之始。成立之始，只有3位醫學院教師兼主治醫師之職，篳路籃縷以開拓台南及本院的骨科教學、研究及臨床服務。現在主治醫師已增至17位，住院醫師13位，其臨床工作及對醫院財務的貢獻極為卓著。1998年更因應醫療品質提昇及次專科之訓練，分為四門次專科及1個骨科研究室，本部現有一專屬骨科病房共50床，於2014年擴充至其他病房，目前總共57床。 除提供病患醫療服務外，並肩負住院醫師訓練，學生臨床教學與課業及積極研究骨科相關之學問，使國人之骨科服務及研究可以提昇至世界水準。科部醫師努力臨床服務、醫學研究及臨床教學，在國內及國際骨科研究學術界極為活躍。每年住院醫師報考專科醫師考試成績均名列前茅，也顯示出其教學的績效。